По преданию, на месте Кизилташского мужского монастыря в VIII в. н. э. пребывала резиденция сурожского архиепископа, он был заступником иконопочитания святого Стефана Сурожского. В его честь, в 1858 году по инициативе священника Иннокентия (Борисов) был построен Кизилташский мужской монастырь. В горе, у которой располагался монастырь, есть небольшая пещера с источником воды, именуемая Священной.
Деньги на строительство давали местные жители, тогда возводились первые монастырские постройки — глинобитные мазанки. В 1858 году настоятелем Кизилташской киновии назначили игумена Парфения. У него были многократные инциденты с местными татарами, которые вырубали лес и посягали на монастырское благо. 21 августа 1866 года Парфений отправился в Судак, а на следующий день вернулся обратно, хотя до монастыря не дошел. Его застрелили на лесной дороге. Тело Парфения сожгли в ущелье. Преступление раскрыли. Подозреваемые были прилюдно повешены в Феодосии. На месте преступления был возведен памятник. В 2000 году Юбилейный Архиерейский Храм решил причислить игумена Парфения к лику святых.
Кизилташский монастырь выделялся благоустройством и превосходно налаженным хозяйством, здесь находятся капитальные строения, устроены лоджии для сада, очищен серный источник. В 1923 году монастырь прикрыли. Здесь создали сельскохозяйственную артель, в церквях создали клуб и общежитие. Снесли купола с церквей. После войны на земли монастыря был сформирован арсенал боеприпасов Черноморского флота.
15 апреля 1997 года было принято решение снова открыть Кизилташский мужской монастыря и назвать его во имя святого Стефана Сурожского. Наместником был назначен иерей Николай Демьянюк.
